El semen es una mezcla de espermatozoides y líquido seminal, el cual consiste a su vez una mezcla de secreciones de los túbulos seminíferos, vesículas seminales, próstata y glándulas de Cowper. El volumen de semen en cada eyaculación suele ser de 2.5 a 5 mL, con cuenta(concentración) de espermatozoides de 50 a 150 millones por mililitro. El varón cuya cuenta está por debajo de 20 millones por mL probablemente es estétil. Se requiere que los espermatozoides eyaculados sean tan numerosos porque sólo una diminuta fracción llega al oocito secundario.
No obstante la acidez leve líquido prostático, el semen tiene pH ligeramente alcalino, 7.2 a 7.7, lo cual resulta del pH más alto y mayor volumen de líquido que provienen de las vesículas seminales. Las secreciones prostáticas le confieren aspectos lechosos, mientras que las de vesículas seminales y glándulas de Cowper le dan al semen su consistencia adherente. El líquido seminal proporciona un medio de transporte y nutrimentos a los espermatozoides, además de neutralizar el entorno ácido hostil de la uretra masculina y la vagina.
Por añadidura, el semen contiene un antibiótico, la seminalplasmina, que mata ciertas bacterias. Puesto que el semen y la porción inferior del aparato reproductor de la mujer contienen bacterias, dicha actividad antibiótica ayuda a controlar su proliferación.
Una vez eyaculado, el semen líquido se coagula en no más de 5 min por la presencia de las proteínas de coagulación provenientes de las vesículas seminales. Aunque se desconoce la función que desempeña su coagulación, las proteínas que la causan difieren de las correspondientes a la coagulación sanguínea. Luego de 10 a 20 min, el semen se vuelve nuevamente líquido por acción del antígeno prostático específico y otras enzimas de la próstata, que disuelven el coágulo. Que dicha licuefacción sea anormal o se retrase puede causar la inmovilización parcial o total de los espermatozoides y, con ello, inhibir su movimiento por el cuello del útero.
